중요한 지적이십니다. 현재로서는 아래 답변이 옳다고 강변하기도
어렵습니다. 그렇다고 사규대로 한다는 것도 옳지 않은듯 합니다. 

노동부는 '불법한 쟁의행위로 인해 근로를 제공하지 않았다면 무계결근으로
처리할 수 있다'고 회시하고 있고, 주휴 및 연월차 휴가 계산시에도
무단결근으로 처리할 수 있다고 판단하고 있습니다. (1990. 7. 26. 근기
01254-10522). 발전회사의 사규 취업규칙 역시 같은 내용을 규정해두고
있구요.. 

이와 다른 판결예는 지난 99년 서울지하철노조 파업시 파업중에 있었던
휴일에 대해 주휴가 인정되어야 한다고 중앙노동위원회가 결정했었던
결정문이 있습니다. 이것이 '무계 7일 이상'의 해고요건 적용 여부를
판단하는 중요한 잣대였습니다. 중노위는 파업기간 중의 주휴를 인정해야
한다는 것이었는데, 이로서 적지 않은 조합원들이 무계결근일이 하루씩
줄어 중노위에서 대규모 복직판정을 받기도 했습니다. 

단, 서울지하철의 위 판정은 파업 이전의 근로일에 대해 파업중이라도
주휴를 보장해야 한다는 것이었는데, 발전과 같이 파업이 계속 이어지고
있는 주의 주휴를 인정할 수 있도록 보장하는 것은 아니라고 여겨지며,
근로기준법 시행령 역시 주휴를 개근 여부와 연계하고 있어 님의 주장처럼
주휴 불인정으로 판정될 가능성이 없지 않습니다.  

하지만 앞의 것이 법적 효력이 없는 노동부 회시인데 비해, 뒤는
법원판결과 같은 효력을 인정하는 중노위 판정이고, 새로운 결정이라는
점에서 여전히 중요한 기준이 됩니다. 

파업기간중의 3.1절의 경우 당연히 휴일로 인정되어야 할 것으로 판단되고,
연차휴일의 경우 아래 답변과 같이 하루가 줄어드는 것으로 판단됩니다.(이
경우 만약 합법파업이었다면 연차는 줄지 않습니다만...) 

중요한 문제인듯 해서 법률팀에서 더 검토하겠습니다.